Gebelik sırasında antidepresan ilaç tedavisi verilmesinin; teratojenite, neonatal adaptasyon bozukluğu ve çocuğun gelişimi üzerinde olumsuz etki oluşturma riskleri vardır. Bu durum hem anneyi, hem de hekimi kaygılandırabilir. Gebe kadınlara ilaca başlamadan önce tedavinin olabilecek riskleri ile ilgili detaylı bilgi verilmelidir. Gebelikte kullanılan antidepresan ilaçların spontan abortus risk oranını %3.9 artırdığı öne sürülmüştür. SSRI grubu ilaçların (fluoksetin, paroksetin, sertralin) konjenital malformasyonlara neden olduğuna yönelik bazı savlar ortaya konmuşsa da, son çalışmalar bu ilaçların büyük konjenital malformasyon oluşma riskini artırmadığı kanıtlanmıştır.Alwan ve arkadaşlarının [51] yaptıkları bir çalışmada SSRI kullanımı ile

konjenital kardiyovasküler malformasyon arasında ilişki bulunamamıştır. Aynı çalışmada gebeliğin ilk trimesterindeki SSRI (özellikle paroksetin) kullanımı ile fetal anensefali ve omfalosel gelişimi arasında anlamlı bir ilişki olduğu bildirilmiştir.

Diğer taraftan Louick ve arkadaşlarının [52] Slone Epidemiyolojik Doğum Defektleri merkezindeki çalışmalarında ise; SSRI kullanımının fetüsta kalp defektleri, omfalosel ve kraniostosis riskini artırmadığı sonucuna varmışlardır.

Bazı kaynaklar bu ilaçların (fluoksetin ve sertralin ) vücut tarafından iyi tolere edildiği, kullanım güvenliğine yönelik yeni çıkan ilaçlara göre daha fazla veri tabanına sahip olduğu ve bu yüzden de gebelikte kullanımının diğer antidepresanlara göre daha güvenli olduğunu ileri sürmüşlerdir.[53]
Gebelikte antidepresan ilaç kullanımına bağlı ortaya çıkabilecek bir sorun neonatal adaptasyon bozukluğudur. Literatürde, gebeliğin son trimesterinde SSRI grubu antidepresan kullanan annelerin bebeklerinin %30’unda neonatal adaptasyon bozukluğu bulgularının görüldüğü belirtilmektedir. Bu bozukluğun bulguları yenidoğanda taşikardi, hipotermi, hipoglisemi, bulantı, huzursuzluk,
anormal kas tonüsü, yeme bozukluğu ve solunum sıkıntısıdır.

Gebeliğinde trisiklik grubu antidepresan kullanan annelerde gebelik döneminde ortostatik hipotansiyon ve kabızlık görülebileceği, bebeklerinde de doğumdan sonraki ilk 12 saat içinde sinirlilik, huzursuzluk, idrar retansiyonu, barsak tıkanması gibi kısa süreli ilacın geri çekilme belirtilerinin olabileceği belirtilmektedir.[53,54]

Gebelikte antidepresan ilaç kullanımının bebekler üzerindeki kısa dönemdeki etkilerini gösteren çalışmalar olduğu gibi, uzun dönem etkilerini de gösteren izleme dayalı çalışmalar mevcuttur. Nulman ve arkadaşları çalışmalarında gebelik döneminde antidepresan ilaca maruz kalma durumlarına göre
bebeklerin doğum sonrası 16 ila 86 ay arasındaki (okul öncesi) zeka düzeylerini (IQ), konuşma becerilerini ve davranış gelişimlerini belli aralıklarla incelemişlerdir. [55] Bu çalışmaya göre gebeliğin ilk trimesterinden doğuma kadar olan sürede antidepresan kullananan annelerin çocuklarının IQ puan ortalamaları; trisiklik grubu antidepresan kullananlarda 118(±17), fluoksetin kullananlarda 117(±17), gebeliği süresince hiçbir antidepresan kullanmayanlarda ise 115(±14) olarak bulunmuş, bu üç gruptaki çocukların gerek IQ, gerek konuşma becerileri ve gerekse davranış gelişimi yönünden istatistiksel yönden bir farklılık göstermediği saptanmıştır.[55]

Ortaya çıkarılamamış veya tedavi edilememiş depresyon hem gebe hem de fetüs için risktir. İleri düzeyde depresif belirtisi olan gebe kadınların %86’sının herhangi bir tedavi almadıkları belirtilmektedir.[25] Gebelerin depresyon tedavisini almamaları veya istememelerinin ana nedenleri; depresif bulgularla gebelik şikayetlerinin birbirine karışması ve depresyonun ayırt edilememesi, depresyonun subsendromal özellik göstermesi, gebenin toplum tarafından etiketlenme korkusu ve alınacak tıbbi yardımın bebeğine verebileceği zararlara yönelik kaygılardır.[25,34,42] İlaçla tedaviye karar vermek için gebenin çok boyutlu irdelenmesi gerekmektedir. Özellikle gebeliğin ilk trimesterindeki depresyonlarda ilaçla tedaviye karar vermek hem hekim hem de gebe için oldukça önemlidir.[44,52] Annenin geçmişinde depresyon öyküsü varsa, ağır bir depresyon geçirilmişse ve intihar düşünce, plan ve girişimi öyküsü  varsa gebelik durumuna bakılmaksızın hastanın kendi güvenliği için antidepresan ilaç kullanmaya başlanması önerilmektedir.[49] Gebelikte aynı tip ve az ayıda (mümkünse tek başına) antidepresan ilacın mümkün olan en düşük dozda
uygulanması tedavinin temelini teşkil eder.